Les concessions et les règlements d’application des barrages imposent des débits réservés suffisants (minimum 50 m3/s en hiver et 100 m3/s en été) pour permettre la circulation de la faune piscicole et éviter l’isolement artificiel des différents affluents du Rhône (préservation des poissons et des macroinvertébrés).
L’introduction de la « double modulation » dans le cadre de l’optimisation de la production hydroélectrique peut néanmoins provoquer un marnage (variation des niveaux du plan d’eau) non négligeable, notamment à l’aval des ouvrages. Ce paramètre doit ainsi être suivi avec attention, afin qu’il n’engendre pas de conséquences néfastes durables sur les zones de berges notamment.
Les ouvrages de franchissement (poissons, castors) réalisés aux barrages de Vessy, Seujet, Verbois, et prochainement à Chancy-Pougny, assurent le transit de la faune; un suivi périodique de ces ouvrages doit néanmoins être réalisé afin de pouvoir évaluer leur efficacité.
